Der Vorstand der Gesellschaft wird an der GV jeweils für drei Jahre gewählt. Er leitet im Auftrag der Vereinsmitglieder die Geschicke der Gesellschaft Pro Vindonissa und setzt sich für die Vereinsziele ein. Zurzeit setzt er sich wie folgendermassen zusammen:
Co-Präsident: David Roth
Co-Präsidentin: Sabine Deschler-Erb
Kassier: Christian Vogt
Aktuarin: Kathi Zimmermann
Archiv: Jared Hevi
Mitgliederaktuar: Hannes Flück
Jahresbericht: Pirmin Koch
Öffentlichkeitsarbeit: Lena Schenker und Andrew Lawrence
Studentische Vertretung: Lena Schenker
Organisation Römertag: Nadja Melko / Ines Winet
ex officio:
Kantonsarchäologie Aargau: Thomas Doppler
Vindonissa-Museum: Rahel Göldi
Gemeinde Windisch: Heidi Ammon
Gemeinde Brugg: Willi Däpp