Der Vorstand der Gesellschaft wird an der GV jeweils für drei Jahre gewählt. Er leitet im Auftrag der Vereinsmitglieder die Geschicke der Gesellschaft Pro Vindonissa und setzt sich für die Vereinsziele ein.  In der Legislaturperiode 2014 bis 2017 setzt er sich wie folgt zusammen:

Präsident: Walter Tschudin

Vizepräsidentin: Sabine Deschler-Erb

Kassier: Urs Widmer

Aktuarin: Kathi Zimmermann

Archiv: Thomas von Graffenried

Mittglieder: Markus Rohr

Jahresbericht: Manuela Weber

Römertag: Andrew Lawrence

Homepage und Veranstaltungen: Pirmin Koch

ex officio:

Kantonsarchäologie Aargau: Georg Matter

Vindonissa-Museum: René Hänggi

Gemeinde Windisch: Heidi Ammon

Gemeinde Brugg: Willi Däpp