Der Vorstand der Gesellschaft wird an der GV jeweils für drei Jahre gewählt. Er leitet im Auftrag der Vereinsmitglieder die Geschicke der Gesellschaft Pro Vindonissa und setzt sich für die Vereinsziele ein. Zurzeit setzt er sich wie folgendermassen zusammen:

Co-Präsident: David Roth

Co-Präsidentin: Sabine Deschler-Erb

Kassier: Christian Vogt

Aktuarin: Kathi Zimmermann

Archiv: Jared Hevi

Mitgliederaktuar: Hannes Flück

Jahresbericht: Manuela Weber

Öffentlichkeitsarbeit: Andrew Lawrence

Öffentlichkeitsarbeit und Platzchef Römertag: Pirmin Koch

ex officio:

Kantonsarchäologie Aargau: Georg Matter

Vindonissa-Museum: Rahel Göldi

Gemeinde Windisch: Heidi Ammon

Gemeinde Brugg: Willi Däpp