Der Vorstand der Gesellschaft wird an der GV jeweils für drei Jahre gewählt. Er leitet im Auftrag der Vereinsmitglieder die Geschicke der Gesellschaft Pro Vindonissa und setzt sich für die Vereinsziele ein. In der Legislaturperiode 2014 bis 2017 setzt er sich wie folgt zusammen:
Präsident: Walter Tschudin
Vizepräsidentin: Sabine Deschler-Erb
Kassier: Urs Widmer
Aktuarin: Kathi Zimmermann
Archiv: Thomas von Graffenried
Mitglieder: Markus Rohr
Jahresbericht: Manuela Weber
Organisation Kolloqium: Andrew Lawrence
Homepage und Platzchef Römertag: Pirmin Koch
ex officio:
Kantonsarchäologie Aargau: Georg Matter
Vindonissa-Museum: Rahel Göldi
Gemeinde Windisch: Heidi Ammon
Gemeinde Brugg: Willi Däpp