Im Umfeld des Legionslagers von Vindonissa werden seit Ende des 19. Jh. gezielt archäologische Ausgrabungen durchgeführt. Anfänglich waren diese Arbeiten nicht gesetzlich geregelt und die Ausgräber verkauften ihre Funde an Museen und Privatsammlungen. Um die römischen Funde und Objekte langfristig zu schützen, gründeten deshalb Altertumsforscher verschiedener Schweizer Universitäten und interessierte Einheimische 1897 die «Antiquarische Gesellschaft von Brugg und Umgebung». Die Verbindung von Wissenschaftlern und Laien ist auch heute noch ein Merkmal der Gesellschaft, das also auf eine lange Tradition zurückblickt.
Der Kanton schloss mit der Gesellschaft bereits 1898 einen Vertrag, in dem die Ausgrabungstätigkeit geregelt wurde. Die Gesellschaft war verpflichtet die zahlreichen herausragenden Funde zu sichern und beim Fundort der Öffentlichkeit zu präsentieren. 1912 eröffnete das Vindonissa-Museum in Brugg seine Tore, das bis heute im Besitz der Gesellschaft ist und die Funde aus dem Legionslager präsentiert.
1906 benannte man sich um und trat fortan bis heute unter dem Namen «Gesellschaft Pro Vindonissa» auf.
Bis in die Mitte der 1950er Jahre betrieb die Gesellschaft Ausgrabungen und Forschung selbständig. Die reichen Dokumente zu diesen Arbeiten sind im Besitz des Archives der Gesellschaft und dienen den Forscherinnen und Forschern bis heute als wichtige Quelle.
Ausgrabungen im Schutthügel des Legionslagers in den 1940er Jahren.